Bước 1: Tổ chức, cá nhân sản xuất kinh doanh sản phẩm thực phẩm đề nghị cấp giấy chứng nhận lập hồ sơ theo quy định và nộp hồ sơ đến cơ quan chuyên môn về y tế thuộc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh hoặc cơ quan chuyên môn được Ủy ban nhân dân cấp tỉnh giao nhiệm vụ qua qua bưu chính công ích hoặc nộp trực tiếp hoặc trực tuyến.
Các thành phần hồ sơ phải còn hiệu lực pháp lý tại thời điểm nộp hồ sơ.
Bước 2: Trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc, kể từ khi nhận đủ hồ sơ hợp lệ, cơ quan chuyên môn được Ủy ban nhân dân cấp tỉnh giao nhiệm vụ tế có trách nhiệm cấp Giấy chứng nhận đối với thực phẩm xuất khẩu theo quy định Điều 30 Nghị định số 148/2025/NĐ-CP ngày 12 tháng 6 năm 2025 của Chính phủ quy định về phân quyền, phân cấp trong lĩnh vực y tế. Trường hợp không cấp hoặc yêu cầu sửa đổi, bổ sung, cơ quan tiếp nhận hồ sơ phải có văn bản nêu rõ lý do và căn cứ pháp lý của việc yêu cầu.
Trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ khi nhận hồ sơ sửa đổi, bổ sung, cơ quan tiếp nhận hồ sơ thẩm định hồ sơ và có văn bản trả lời.
Giấy chứng nhận hoặc văn bản nêu rõ lý do không cấp được trả tương ứng với hình thức nộp hồ sơ.
Số lượng Giấy chứng nhận được cấp theo yêu cầu của tổ chức, cá nhân xuất khẩu.
Bước 3: Sau 90 ngày kể từ khi có công văn yêu cầu sửa đổi, bổ sung nếu tổ chức, cá nhân không sửa đổi, bổ sung thì hồ sơ không còn giá trị.